有很多厂家在实际使用过程中，都出现了影响工艺运行的现象或问题，其中浸没式超滤材料老化、膜孔变形、断丝等问题都直接加剧了初滤水效果，并对出水水质产生了很多不利影响。
    而膜池污染物的集中现象，也在一定程度上加剧了膜污染、膜丝间的积泥情况，导致浸没式超滤膜组件断丝现象加剧，或清洗困难。对于运行而言，因低温情况而造成的反冲洗压差增加比产水过程的通量下降、跨膜压差增加的影响更直接，也更难以克服。此外，在浸没式超滤实际运行过程中，有很多数量的微生物检出,表明依然存在着生物泄漏的风险。
    浸没式超滤技术在给水领域中已经得到了广泛关注与使用，有关浸没式超滤的适用性、应用性的研究也可在大量文献中看到，然而对于浸没式超滤技术在水厂规模使用中，可能出现的问题，却较为少见。
    膜池污染物集中，高产水率被认为是浸没式超滤技术的一个明显优势，也有观点认为大颗粒絮体对跨膜压差、膜污染的影响较小。为实现高产水率，先投产的项目起初只进行了底部排泥，并未采取膜池排空手法，进而导致膜池污染物高度浓缩与集中。